Výuka tělesné výchovy probíhá i mimo budovu gymnázia. Ve všech ročnících je část roku zařazeno plavání a v jarních a podzimních měsících výuka lehké atletiky na hřišti TJ Lokomotiva. 

V rámci vyučování pořádá Církevní gymnázium sportovní kurzy, v zimě tradiční lyžařské - sekundáni jezdí pravidelně do Železné Rudy, kvintáni pak do Krkonoš na Černou horu. Do výcviku je výběrově zařazen i snowboard, neboť škola disponuje dvěma vyškolenými instruktory. V oktávě mají studenti možnost zúčastnit se letního sportovního kurzu, který se již třetí rok koná v září v Rožmitálu pod Třemšínem. Náplň kurzu tvoří cyklistika, různé závody v přírodě, výcvik na lodích, plavání, softbal a míčové hry.

Družstva i jednotlivci se zúčastňují pravidelně různých sportovních soutěží mezi školami, mj. ve volejbalu, hokejbalu, fotbalu, softbalu. V letošním roce byl na závěr školního roku poprvé v historii uspořádán sportovní den Církevního gymnázia.

Ani učitelé nezůstávají pozadu a spolu se studenty dodržují velmi hezkou tradici vánočního turnaje ve volejbalu O zlatou vánočku, kterého se zúčastňují zástupci všech plzeňských gymnázií.