Již v prvém roce existence školy byla vybudována laboratoř chemie. Učebna biologie je vybavena videem, videomikroskopem značky Olympus a žákovskými mikroskopy.

Vyučující vedou studenty k účasti na odborných aktivitách - přírodovědné olympiády, středoškolská odborná činnost. V regionálním kole ekologické olympiády 1999 se družstvo Církevního gymnázia umístilo na 6. místě z 18 účastníků. Václav Benedikt získal 4. místo v oblastním kole biologické olympiády kategorie A, Zdeněk Černý se umístil v krajském kole SOČ na 3. místě.

Studenti si v septimě volí přírodovědné nebo společenskovědní zaměření. V přírodovědné třídě mají studenti rozšířenou výuku biologie, chemie a fyziky. Také jim jsou nabídnuty další rozšiřující semináře.

Studenti jsou úspěšní při přijímacím řízení na VŠ přírodovědného a technického charakteru (LF, PřF, VŠCHT, MFF, FAV, ČVUT, FEL atd.).